汉中市石门水库在水源地保护和水利风景资源开发中，始终贯彻“开发促保护、保护促开发”的发展方针，为水库的生态保护注入了新的活力。通过多年的努力，该水库经济效益不断提高、生态环境的保护力度不断加大，水库水源林覆盖率逐年增加，污染源逐年减少。2002年，石门风景区被水利部命名为国家水利风景区，2009年又被评定为国家“AAA”级旅游景区。
石门水库是汉中市最大的水库，也是全国大型水库之一，也是汉中市后备城市水源地。水库总库容1.098亿立方米，水域面积5平方公里，可灌溉汉中市四县（区）47万亩良田，被誉为“西北水利明珠”。
为了切实加强褒河流域生态保护与建设，有效涵养水源，减轻石门水库的泥沙淤积，保证石门水库作为汉中市中心区集中式生活饮用水源的水质安全，汉中市石门水库管理局编制了《石门水库保护区综合治理规划》，并提请市政府颁布实施了《褒河流域及石门水库水质和生态保护建设规划》和《褒河流域及石门水库水质和生态保护建设工作方案》，市政府决定建立石门水库城市集中式饮用水源保护区，成立了褒河及石门水库水质和生态环境保护建设领导小组，负责协调解决建设工作中的重大问题。明确了留坝县、汉台区、勉县三县（区）政府是褒河流域及石门水库水质和生态环境保护建设工作的责任者和实施者。进一步明确了市发改委、市环保局、市公安局、市林业局、市国土资源局、市交通局和市公路管理局等部门和单位在褒河流域及石门水库水质和生态环境保护建设工作中的具体职责，并要求市政府有关部门加强分工协作，按部门职责尽快制定实施具体工作计划，较好地处理了流域内水源地保护与水利产业发展的关系。
石门水库管理局组建了水政执法队和库区巡逻队，按照“谁污染、谁治理，谁破坏、谁恢复”的原则进行治理和恢复，坚决查处和制止破坏生态、污染环境的违法行为。以库区水源地保护及石材矿区污染源综合治理为核心，水源地石门水库流域环境综合治理工程和水保生态项目建设全面实施，总投资近460万元，种植了水源涵养林、经济林，修建了蓄水池、沉沙池、厌氧沼气池、垃圾分类池、谷坊和沟渠，新增水土治理面积4240亩，拦沙效益和蓄水效益明显。他们还建立了危险化学品运输过境监督管理机制，制定发生危险化学品运输事故的处理应急预案；建立水质监测点，对褒河留坝县境内的河水水质进行长年定时定点监测。
为促进石门水库的可持续发展，保护好石门水库的青山绿水，石门局在水利风景资源开发总体规划中，真正做到开发与保护相统一。2003年，该局委托西北林业调查规划设计院编制了石门国家水利风景区总体规划，2013年又组织设计单位对总规进行了修编，对石门水库的水利工程景观、水域景观、人文景观及发展前景进行了科学的规划，严格控制水上活动的项目规模，通过建设环保型厕所、加大垃圾箱设置密度、栈道两侧架设拦污网、定期清理水面漂浮物等多种措施，坚持在不污染水质、不破坏生态环境的前提下发展水利旅游业。1996年以来陆续投入运营的九艘游船，均是先进的环保船，游船产生的污水、油水、生活垃圾全部进行了达标处理，确保水质不受污染，游船运营近十年来未发生油污现象。为了解决长期困扰景区的水库库面漂浮物的问题，2013年3月，石门旅游公司争取到西安一企业的赞助，投资一百多万元，添置了一艘清漂船，集中打捞水库垃圾，为游客创造优美的旅游环境。